Началом преподавания иностранных языков в Томском университете считается 21 февраля 1901 г., когда проф. А.К. Глейе прочел конкурсную лекцию на немецком языке для профессорско-преподавательского состава Томского Императорского университета. 

В апреле 1918 г. были открыты педагогические курсы новых языков (на курсах изучались немецкий, английский, французский и другие языки), которые фактически явились первыми в Сибири, готовившими преподавателей иностранных языков для учебных заведений региона.

Первым заведующим курсами был профессор, зав. кафедрой западноевропейской литературы историко-филологического факультета А.А. Гвоздев (1887–1939). Он учился в Лейпцигском и Мюнхенском университетах, некоторое время работал в Италии, Франции и Швейцарии, в 1913 г. окончил Петербургский университет.

Кафедра иностранных языков была открыта в 1931 г., а в мае 1995 г. принято решение ученого совета Томского госуниверситета об открытии факультета иностранных языков.