При учреждении Императорского Томского университета в 1878 г. среди многих факультетов и отделений планировали открыть и историко-филологический факультет, но осуществить задуманное удалось лишь 1 (14) июля 1917 г. Факультет имел классическое славяно-русское, историческое и романо-германское отделения. В 1920 г. он вошел в факультет общественных наук вместе с юридическим факультетом, а в 1922 г. был закрыт. В 1940-м исторический факультет был вновь открыт. С 1941 по 1974 г. он существовал как историко-филологический. С 1974 г. исторический факультет стал отдельной структурой государственного университета. Если в первые годы на отделении истории работало всего две кафедры (русской и всеобщей истории), то теперь на факультете девять кафедр, а 75% преподавателей имеют ученые звания и степени. В 2018 году в результате присоединения кафедры политологии, которая до этого времени работала в рамках философского факультета, исторический факультет был преобразован в факультет исторических и политических наук.

За четыре года обучения дается высшее профессиональное образование и выпускникам присваивается квалификация бакалавра, за два года последующего обучения – квалификация  магистра.