Научная деятельность биологов в Томском университете началась в 1885 году, за три года до его официального открытия, когда в Томск из Казанского университета приехал ботаник П.Н. Крылов. Сразу же по приезде этот энергичный человек приступил к созданию Ботанического сада и Гербария, проделав при этом исключительно большую организационную работу.

Открывшийся в 1888 году Томский университет первоначально имел только один медицинский факультет, на котором были созданы две биологические кафедры – ботаники, а также зоологии и сравнительной анатомии. В значительной мере биологическую направленность имели и две медицинские кафедры – нормальной физиологии и гистологии с эмбриологией. Таким образом, биология в Томском университете в первый период своей истории (1888-1917) развивалась главным образом на этих четырех кафедрах. У ее истоков стояли крупные ученые: гистологи - А.С. Догель, А.Е. Смирнов и С.Г. Часовников; анатом - К.Н. Виноградов; физиологи - В.Н. Великий, А.А. Кулябко; ботаники - С.И. Коржинский, В.В. Сапожников, П.Н. Крылов, зоологи - Н.Ф. Кащенко, Г.Э. Иоганзен, М.Д. Рузский. Они оставили неизгладимый след в истории Томского университета как основоположники ряда направлений биологических исследований и создатели самобытной сибирской биологической школы.

Второй период развития биологии начинается с открытия в 1917 году физико-математического факультета, на котором было организовано биологическое отделение, где вскоре происходят некоторые преобразования и открытие новых биологических кафедр.

В 1933 году университет вновь перешел на факультетскую систему и приказом от 16 мая среди прочих был открыт биологический факультет. Поэтому именно этот год можно считать годом рождения биологического факультета, с него и начинается третий этап развития биологии в Томском университете. В 1948 году в состав биологического факультета была введена кафедра почвоведения, и с этого времени факультет назывался биолого-почвенным.

В 2007 году для повышения качества выпускаемых специалистов и уровня научных исследований на основе решений ученых советов факультетов (биолого-почвенного факультета и международного факультета сельского хозяйства) путем объединения был создан Институт биологии, экологии, почвоведения, сельского и лесного хозяйства (Биологический институт).

На факультете ведется подготовка по семи направлениям: 

• "Биология",
• "Почвоведение",
• "Агрономия, экология и природопользование",
• "Лесное дело",
• "Ландшафтная архитектура",
• "Менеджмент".

За четыре года обучения дается высшее профессиональное образование и присваивается квалификация (степень) "бакалавр".

За шесть лет обучения выпускникам присваивается квалификация (степень) "магистр" .