В 1930 г. 26 марта на базе Госплемрассадника крупного рогатого скота в с. Кызыл-Озёк была создана Ойротская зональная станция по крупному рогатому скоту в соответствии c соглашением представительства Ойротской автономной области при ВЦИКе и треста «Скотовод» при Народном Комиссариате земледелия СССР (26.03.1930 г.). Затем эта станция в 1934 г. преобразовалась в Ойротскую зональную опытную станцию животноводства. После многочисленный реорганизаций и переименований в 1993 г. на базе Горно-Алтайской СХОС в соответствии с приказом Российской академии сельскохозяйственных наук (РАСХН) организуется Горно-Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Сибирского отделения Российской академии сельскохозяйственных наук (ГАНИИСХ СО РАСХН). В 2017 году 20.09. ФГБНУ Горно-Алтайский НИИСХ присоединен в качестве филиала к ФГБНУ «Федеральный Алтайский научный центр агробиотехнологий» (г. Барнаул) Министерства науки и высшего образования РФ.
На основании приказов Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 29.10.2024 №718, Томского государственного университета от 15.11.2024 № 1364/ОД создан Горно-Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства (филиал) федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Национальный исследовательский Томский государственный университет».