Общее руководство Томским государственным университетом осуществляет выборный представительный орган – ученый совет ТГУ, избранный на пять лет общим конференцией работников и обучающихся университета, университета. Деятельность ученого совета направлена на решение основных вопросов жизнеобеспечения и развития университета в целом и основана на гласности и демократических принципах.