В международные базы данных в настоящее время включено 21 издание ТГУ. ТГУ один из лидеров в России по количеству журналов в Web of Science и Scopus.
Russian Physics JournalПрикладная дискретная математика Сибирские исторические исследованияСибирский психологический журнал Вопросы лексикографии РУСИН (ТГУ — соучредитель) Текст. Книга. Книгоиздание Сибирский филологический журнал (ТГУ — соучредитель) Язык и культура Вестник Томского государственного университета Вестник ТГУ. Филология Вестник ТГУ. История Вестник ТГУ. Философия. Социология. Политология Вестник ТГУ. Культурология и искусствоведение Вестник ТГУ. Математика и механика Вестник ТГУ. Управление, вычислительная техника и информатика Вестник ТГУ. Биология Вестник ТГУ. Право Имагология и компаративистика Геосферные исследования Химия растительного сырья (ТГУ – соучредитель)